新型PKM2抗肿瘤小分子抑制剂虚拟筛选研究 内容:一、立题依据恶性肿瘤是严重威胁人类生命的重大疾病之一,而抗肿瘤药物在肿瘤的临床治疗中发挥着重要的作用。
自从 1970 年第一个癌症相关基因 Scr 被发现,到目前为止数以百计的基因已经被证明与癌症发生相关,近年来随着分子生物学、分子肿瘤学和分子药理学的迅速发展,抗肿瘤药物研发方向也从传统的细胞毒类药物逐渐发展到针对肿瘤细胞内特定靶点具有特异性作用的新型抗肿瘤药物。
充分利用晶体结构提供的三维信息进行特定靶点抑制剂的设计能够大大提高药物设计的效率。
而基于靶标结构的虚拟筛选,可评估出分子的一般活性,明确方向,减少需要筛选的化合物的数目,进而减小实验周期、节省研究经费等,目前已经成为药物研发过程中不可或缺的一个环节。
1、设计方法本项目中主要运用到的三种计算机辅助药物设计方法是3D-QSAR模型的构建、基于碎片的药物设计以及基于药效团、分子对接、相似性等的虚拟筛选。
第一阶段:基于3D-QSAR和碎片替换的抑制剂设计研究3D-QSAR模型作为一种传统的研究化合物结构与关系的方法,广泛运用于药物设计的前期阶段,尤其对先导化合物的优化起到重要的指导作用。
第二阶段:虚拟筛选研究1)基于药效团的虚拟筛选药效团是药物针对某靶标呈现特定生物活性所必需的物理化学特征及其在空间中的分布。
对已知的抑制剂进行结构上的分析,获得其与靶点作用关键性药效特征及其空间排布,构成药效团模型。
2)基于分子对接的虚拟筛选分子对接也是一种经常采用的虚拟筛选方法,尤其是在靶标三维结构已知的情况下,可以精确地预测化合物与活性位点的结合模式,但对接时考虑的分子柔性及不同打分函数对对接结果的选择影响较大。
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