开题报告内容:(包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述,不少于2000字)
一、拟解决的问题
微管蛋白抑制剂是一种用于癌症治疗的潜在药物,其中与秋水仙碱位点结合的秋水仙碱抑制剂可以有效抑制新血管生成,但是,它们的耐药性和严重的副作用是临床治疗失败的主要原因。故本课题拟通过结合药物相似性分析,药效团作图和分子对接方法的集成方案进行虚拟筛选来设计以秋水仙碱为靶点的新型抑制剂。
二、研究手段
1.药理模型生成
从蛋白质数据库(PDB)数据库获得高分辨率的微管蛋白结构域的X射线晶体学结构,首先经过预处理,用于生成药效团模型。添加氢气,计算Gasteiger部分电荷,然后使用Merck分子力场94(MMFF94)力场进行能量最小化。 基于这些预处理的晶体结构,应用分子操作环境(MOE)的药效团产生方案,产生微管蛋白活性位点的最具代表性的特征。
2.药理学模型评估
建立一个内部数据库用于评估药效团模型在区分活性化合物和非活性化合物方面的判别能力。使用MOE中可用的药效团搜索方案进行数据库筛选。用Gunner-Henry(GH)评分方法从包含已知有效成分和无效成分的数据集中量化了命中的模型选择精密度和有效成分的回收率。 该方法包括计算的总命中率(Ht),活性成分百分含量,活性成分百分率,富集因子(E),假阴性,假阳性和命中优势得分(GH,GH分数范围从0到1,分别表示空模型和理想模型)。
3.虚拟筛选
为了找到具有多种支架的有效抗癌药物,Specs数据库包含200,000多个分子,因其结构多样性而被用于虚拟筛选。当前,市售Specs数据库中的所有化合物均为二维(2D)平面结构。 因此,在进行虚拟筛选之前,需要将Specs数据库中的每个化合物转换为三维(3D)结构。
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