一、实验背景计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design，CADD)是在药物设计的 过程中，借助计算机的数值计算、逻辑判断、图形处理等功能，运用化学、生物 信息学等信息资源，通过构建一定的模拟环境，来合理设计先导化合物的方法。
它不仅可以用于先导化合物的发现，还可以用于先导物的衍生和优化，是合理药 物设计的重要手段之一。
跟传统的药物发现过程相比，通过计算机的筛选，一方 面可以加速先导化合物的发现和优化，缩短药物研究与开发的周期；另一方面， 由于很多筛选工作可以预先在计算机上进行，因此可以降低开发成本，减少人力、 物力和财力的浪费[1]。
早在 1909 年，药效团的概念就由 Paul. Ehrilich 提出，指载有活性必需的特 征原子的分子框架，现在泛指在生物活性分子中对活性起着重要作用的药效特 征元素及其空间排列形式。
这些药效特征元素可以是某些具体的原子或原子 团，也可以指某些特定的化学功能结构。
药效团模型法包括两个层面的内容：药效团模型的构建及药效团模型的应用[2]。
基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase，MMPs）是一类锌离子和钙离子 依赖的内肽酶，其主要作用是催化细胞外基质（extracellular matrix，ECM）的水 解断裂，在维持细胞位置的稳定性和细胞间的信号传导中起着非常重要的作用[3]。
在正常生理条件下，MMPs 的活性由其内源性的组织抑制剂来平衡，它们共 同调控细胞外基质的降解，维持细胞的稳定性。
若调控机制的不平衡导致 MMPs 过度表达，则会使得基底膜以及基质过度降解，形成局部溶解区，构成肿瘤细胞 转移运行的通道，促进肿瘤细胞沿着基底膜缺损的部位或者在基质空隙的周围生 长，造成肿瘤的侵入及扩散转移[4]。
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