基因毒性杂质（genotoxic impurity,GTI）是能引起DNA损伤，导致DNA突变，进而影响DNA的功能或改变其遗传特性，甚至引发癌症的一类有机杂质。
该类物质在较低水平即有可能损伤DNA，因而毒性较强，潜在风险大，近年来因为痕量GTI残留于药物中而导致的医疗事故偶有发生，强烈威胁了用药安全性。
对此，人用药品注册技术要求国际协调会议(ICH)、欧洲EMEA及美国FDA等机构陆续提出针对基因毒性杂质的相关策略及限度要求。
有些结构基团被确定具有较高的致癌性，如黄曲霉素类、N-亚硝基和烷基偶氮氧化物等，这类高效致突变致癌物被称为关注队列。
在缺少杂质安全性数据支撑时，为了区分出基因毒性杂质与普通杂质，各法规和指导原则提出运用警示结构的方法，将可能引起基因毒性的结构列入关注队列，含有这些基团的杂质通常被认为具有潜在基因毒性。
对于有明确基因毒性阈值的杂质，可以通过制定限度标准将暴露水平限定在安全范围内；对于有警示结构的潜在GTI，由于没有安全阈值数据支撑，无法确定限度标准，需要进行药学和毒理学评估。
但需要注意的是，含有警示结构的物质未必具有致癌性，而不含警示结构的物质也未必没有致癌性，皆需实验验证。
ICH中有关于评估和控制药物中DNA反应性（致突变）杂质以限制潜在的致癌风险的行业指南（M7），指南中提出毒理学关注阈值（TTC）概念，为无法确定阈值的GTI提供一个可接受的摄入水平。
基于TTC的方法通常是十分保守的，常通过50%肿瘤发生率剂量（TD50）简单线性外推得到十万分之一发生率的剂量，且运用的TD50来自最敏感物种和肿瘤发生的最敏感部位。
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