基于二代测序的线虫功能突变的分析文献综述

 2022-12-18 05:12

一、课题的研究背景、意义和目的

全基因组测序(WGS)是对秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)等模式生物中对引起表型的突变作图的最快且最具成本效益的方法。然而,其数据分析非常复杂,需要大多数实验室没有的专业的生物信息学知识到。此外,WGS数据的泛滥已经引发了对计算能力需求和数据存储容量的新的担忧。研究人员可能不愿意将资源投入到计算机或软件中,因为他们担心这些资源可能会被迅速替换,或者不会与现有或未来的系统互兼容。随着WGS成本持续下降并且技术变得普遍,所有使用遗传分析的实验室都将面临这些问题。

本课题在实验室对线虫进行杂交和测序的基础上,对测序数据进行分析,以减少表型相关候选位点的个数。

二、课题研究的主要内容

1. 对原始数据进行质控和预处理。

2. 对处理后的数据做突变图谱并注释。

3. 选择统计量筛选候选位点。

三、研究难点

1. WGS数据的分析

2. 候选位点的筛选条件的确定

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